お問い合わせいただきありがとうございます。
おっしゃる通りで、4.0.04はベータバージョンとして公開していたもののため、現在は使用できなくなっております。
ただ、Spineバージョンの下2ケタの番号はバグ修正など軽微な修正のみを行なっているパッチバージョン番号となっており、4.0.04から最新の4.0.25へは安全にアップデートいただけますので、最新バージョンをお使いいただけますと幸いです。

また、バージョンに関しましては、ユーザーガイドのバージョン設定のページもご参考にしていただければ幸いです。
バージョン設定 - Spineユーザーガイド

もしその他ご不明な点がございましたらお気軽にお申し付けください。
よろしくお願いいたします。