誤ってbeta版の方で保存してしまったとのことで申し訳ありません。spine-unityランタイムが4.1に対応するのがいつになるかは具体的なスケジュールは決まっておりませんが、しばらくかかってしまうかと思いますので、お手数ですが4.1で保存されてしまったSpineプロジェクトファイルのダウングレードをお願いいたします。

また、

Json吐き出し時に、「4.0」を選択し、吐き出そうとしたのですが、黄色いビックリマークが表示されてしまい、Unityのほうでも正常に認識してくれませんでした。

という点についてですが、JSONエクスポートのオプションにある「バージョン」オプションは、Spineプロジェクトのダウングレードを行いたい場合に利用するためのもので、spine-unityランタイムのバージョンに合わせるためのオプションではありません。そのため、4.1でエクスポートしたデータは、必ずランタイムバージョン4.1でないと読み込めませんのでご注意ください。

以下は、Spineプロジェクトのダウングレードの具体的な手順になります。

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【STEP1】 4.1で保存してしまったプロジェクトを開いて、JSONエクスポートを選択してください。その際、以下のようにオプションを設定してください。

• バージョン(Version)を4.0に設定
• 非必須データ(Nonessential data) をオン
  設定できたらエクスポートを行ってください。また、エクスポートの際、画像のパック(テクスチャの書き出し)は必要ありません。
  
  「警告」オプションをチェックしている状態でエクスポートを実行すると、「4.1から4.0へJSONをエクスポートするのは情報が欠落する可能性がある」という旨の警告が表示されますが、4.1で作業を行っていない、または4.1で追加された機能を使っていなければ基本的には復元できますので無視して問題ありません。

【STEP2】Spineのバージョン設定を切り替えて、4.0を起動してください

【STEP3】左上のSpineメニューからデータインポート(Import Data)を選択し、ダイアログを開いたらインポートのチェックをJSONまたはバイナリファイルにしていただき、ファイルの欄にSTEP1で書き出したJSONファイルを指定してください。

【STEP4】開いた直後は画像ファイルがMissingになっていると思いますが、まず現在のSpineプロジェクトを保存して、それからイメージパスを修正してください。すると画像が正しく読み込まれると思いますので、これで4.0で作業が再開できます。

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また、今後beta版や別バージョンに誤ってアップグレードしてしまうことがないように、Spineのバージョン設定を4.0最終版(最新の4.0 / Latest 4.0)にしていただくことをお勧めいたします。こちらの設定にしていただければ、パッチバージョンのアップデートは行われますが、メジャー及びマイナーバージョンのアップデートは行いません。Spineプロジェクトファイルには後方互換性はありますが、前方互換性はありませんので、ゲームの開発が始まってからは必ずメジャー/マイナーバージョンを固定していただくようにご注意いただけますと幸いです。
もし何かご不明な点があればお気軽にご質問ください。